Все (ну точнее подавляющее большинство) программы в среде X window получают шрифты одним из 2х способов:

• клиент сообщает серверу что и каким шрифтом отрисовать, а выбором шрифта, его загрузкой и выводом на экран занимается сервер
• клиент сам отрисовывает шрифты и посылает серверу битмапы.

Надо отметить, что программы использующие первый способ, вымирают как класс (что бы ни говорили противники *DE и любители xterm). И вопрос топика применительно к этим программам меня интересует мало. Поэтому только общее направление: отключить шрифты вообще можно разрегистрировав их из defoma (это если Xserver их хватает из x-ttcidfont-conf), а задать “умолчальные” обычно можно через файл ресурсов (Xresources).

А вот всякие Qt/GTK приложения самостоятельно занимаются отрисовкой шрифтов. И берут они их через механизм fontconfig. Для того, чтобы узнать, какой шрифт будет использован, если приложение запросило serif, достаточно выполнить команду

$ fc-match serif

Настройками fontconfig можно рулить через его конфиг-файлы, расположенные в /etc/fonts. В частности там можно задать/переопределить, семейства шрифтов, к каким семействам относятся те или иные шрифты, как отрисовываются шрифты (автохинтинг, хинтинг и т.д.), причем можно даже указать, какие настройки отрисовки будут применены к каким шрифтам (то есть в зависимости от имени, семейства, размера можно включать/выключать хинтинг). Документация по формату есть в fonts-conf (5).

В частности для задания приоритета шрифтов по семействам надо отредактировать файл /etc/fonts/conf.d/60-latin.conf (если у вас не Debian, то сами ищите где для семейств serif, sans-serif и monospace задаются предпочтительные (тег <prefer>) шрифты) так, чтобы майкрософтские шрифты (Times New Roman, Verdana и Courier New) были выше шрифтов DejaVu в своих семействах. После редактирования изменения вступят в силу для всех вновь запускаемых программ. Проверить можно, напоминаю, командой fc-match. Вот и вся черная магия.

Upd: Но это еще не все, читайте комментарии или следующую запись.
Upd2: В Debian и, скорее всего, в Ubunte, а может быть и в других дистрибутивах, достаточно положить файлик local.conf в /etc/fonts.